注重经典研究与临床相结合。著有《内经与临证》、《经方应用》等。 提出"辨体-辨病-辨证"、"主病主方"诊疗模式，拓展临床思维。总结44个疑难病主方，著有《辨体-辨病-辨证诊疗模式创建与应用》、《王琦方药应用31论》、《王琦治疗62种疑难病》等。 构建中医体质学和中医男科学，推动中医学科分化。中医体质学已成为中医学二级学科和国家中医药管理局重点学科，《中医体质学》被列为中医院校创新教材。构建中医男科学理论体系，著有《中医男科学》、《王琦男科学》，2005年获中华中医药学会著作奖一等奖，2006年获教育部高等学校自然科学奖二等奖。

以王琦为代表人物的中医体质学派被国家中医药管理局"中医学术流派课题组"列为中医当代学术流派，"王琦名老中医体质学术流派研究"获北京市自然科学基金资助。建有国家中医药管理局和北京市王琦名医传承工作室(站)。形成学术传承谱系，先后培养硕、博士、博士后及继承人113名。2007年被国家中医药管理局评为全国优秀中医临床人才研修项目优秀指导老师、全国老中医药专家学术经验继承工作优秀指导老师。

制订行业标准，创立体质辨识法，为国家医改、公共卫生服务作出贡献。制订首部《中医体质分类与判定》行业标准，由中华中医药学会颁布，在全国173家治未病中心应用，2007年获国家科技进步奖二等奖。所创体质辨识法被纳入《国家基本公共卫生服务规范》及其项目，被写入卫生部深化医改的相关文件，使中医药首次进入国家公共卫生服务体系。主持制订《老年人中医药健康管理服务技术规范》，政府为此投入服务资金7.2亿元，覆盖全国32个省(市)30%的老年人群。

承担重大科研项目，富有成果。主持国家级项目10项(包括"973"项目2项，国家自然科学基金重点项目1项)，部级项目6项。以第一完成人获国家级二等奖1项，省部级一、二等奖13项，发明专利6项。主编专著36部，发表核心期刊论文326篇，SCI论文15篇，被引用6294次。

传播中医药文化，对外开展医疗和学术交流，扩大中医药国际影响。所著科普著作2012年被新闻出版总署、国家中医药管理局评为"首届全国优秀中医药文化科普图书"。任世界中医药学会联合会体质研究专业委员会会长。为国家政要、外国元首诊疗，应邀赴22个国家交流讲学、诊疗。所著《中医体质学》被日本、韩国多次翻译出版，《中医体质量表》被译成英、日、韩文版推广应用。任美国SCI期刊 Am J Chin Med高级顾问。