王琦以严谨的学风、渊博的知识和诲人不倦的精神教育和影响了一大批中医学人。他先后培养博士后、博士、硕士、学术经验继承人113名，主编及参编著作30部，在国内外核心期刊发表学术论文300余篇，并先后承担“973”计划等多项国家级、部级科研项目，拥有发明专利6项，获国家科技进步奖二等奖1项，部局级一、二等奖12项。2009年和2012年，北京市中医管理局、国家中医药管理局先后建立了王琦名医传承工作站和王琦名老中医药专家传承工作室。
做了几十年的中医教学工作，在他看来，成才因素无非两点：博极医源、勤于实践。“博极医源，就是善于治学、熟谙经典，掌握经典著作是学好中医的关键。”王琦说，“勤于实践是指多做临床诊疗。任何一个中医名师，都是在为病人多年服务的临床岗位上成才的”。
现已古稀之年的他，用“每天都以背着书包上学的心态”来概括自己目前的生活状态：每天做不完的课题，带七八个博士学生，晚上回家还要想第二天的病人的处理方案，以及还要选择性参加数不清的大小会议。
谈到中医未来将走向何处，王琦说：“不要忘了老祖宗，要秉承血脉，下大力气继承，回到自身理论的源头，把握中医学的主体性；要不断注入新的活力，冲破壁垒，打破围墙，整合资源，使中医学与时俱进，奇峰突起，异彩纷呈。”
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