《神农本草经》是中医药理论体系形成的四大标志之一，奠定了中药学基础，中药理论体系便由此发生、发展成为一门独立的分支学科。
《神农本草经》历来又被简称为《本草经》，之所以将其冠以“神农”，是因为在西汉及其此前，“世俗之人，多尊古而贱今，故为道者，必讬之神农、黄帝而后始能入说”（《淮南子·修务训》）。显然，这是当时的学风使然、文化背景使然。对于该书而言，托名“神农”不仅仅是一种托辞，而且既有相当长的历史渊源，又有相关的史料为依据。
据现存史料记载，早先是将农耕活动与神农发生联系的，将三皇中的炎帝称为“神农”就是明证，认为他就是最早的农业专家并教人稼穑。《孟子·滕文公》中就有相关的记述。据班固整理上古的文献之中，有关“神农”治农内容的资料就有20篇之多，并认为“六国时，诸子疾时怠于农业，道耕农事，托之神农”（《汉书·艺文志·农家类》）。在《吕氏春秋》中早已有类似的记载，认为“神农身亲耕，妻亲绩”。班固对此补注曰：“古之人民皆食禽兽之肉，至于神农，人民众多，禽兽不足，于是神农因天时分，地之利，制耒耜，教民农作，神而化之，使民宜之，故谓之神农也”（《汉书·艺文志·农家类》）。这里不但将“神农”与古代农事活动联系在一起，还诠释了为何将炎帝尊为“神农”的理由。
本草类中药属于古代农事活动乃至现代的大农业范围，这是人所共知之事，这也是古人将本草乃至中药学知识与“神农”挂钩的理由之一。加之人类为了生存，要与饥饿、要与疾病作斗争，这都与本草无法分开。植物类食物绝大多数都是药、食两用的，古人在将炎帝与农业联系，以及对本草类药物深刻认识的同时，也就自然而然地将药物、本草与其联系并托附于他。因此，西汉陆贾就持这一观点，认为上古时代，“民人食肉饮血，衣皮毛，至于神农，以为行虫走兽，难以养民，乃求可食之物，尝百草之实，察酸苦之味，教民食五谷”（《四库备要·子部·新语卷上》，中华书局，1955年）。西汉刘安对这一说法有进一步的分析，认为“古者民茹草饮水，采树木之实，食蠃蛂之肉，时多疾病毒伤之害，于是神农乃始教民播种五谷，相土地宜燥润，肥饶高下，尝百草之滋味，水泉之甘苦，令民知所避就。当此之时，一日而遇七十毒”（《四库备要·子部·淮南子·修务训》，中华书局，1955年）。司马迁将古人对炎帝与医药密切联系的认识作了总结，明确地指出，“神农，以赭鞭（鞭通‘辨’）草本，始尝百草，始有医药”“神农和药济人”（《史记·补三皇本纪》）之后，世人便毫无争议地将本草、将医药创始之功归之于神农。因而汉晋以降，人们将传载古代有关药物知识的专著托名神农，便是在情理之中的事了。
汉晋以后乃至今日，医药界之所以将传载治病疗伤的药物知识著作命名为“本草”，五代时期韩保升虽然有“药有玉石、草木、虫兽，而直云本草者，为诸药中草类最众”（《蜀本草》序）的解释，此解虽然不乏道理，但未畅明其旨，未能洞彻为何要用“本”字冠“草”的理由。复习古代相关文献之后可以这样认为：一是“本草”一辞在汉代已是政府的官方用语，并将专司“本草”的官职称为“本草待诏”（《汉书》的《平帝纪》、《郊祀志》、《游侠传》等）。二是汉代已将“本草”作为书名（《汉书·楼护传》），而且楼护还阅读过书名为“本草”的文献，这在当时其他医学文献中已将“本草”作为医用药物的专用词。如《汉书·艺文志·经方类序》就有“本草石之寒温”之语即是例证。三是因神农开创农耕以后，为人类生存提供了可靠、稳定的饮食和药食两用的原料来源，无论是天然野生或者人工经过驯化栽培的植物，均是民众用以果腹乃至治病除疾之根本，因而以“本”字冠“草”。可见，“本草”作为药物专著不但由来已久，而且其意义深远。
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